Program organizuju Javno preduzeće za upravljanje morskim dobrom Crne Gore i NVU “ECOM – Udruženje za ekološki konsalting u Crnoj Gori”,
Međunarodno priznanje „Blue Flag” (Plava zastavica) je ekskluzivno ekološko obilježje koje se godišnje dodjeljuje plažama i marinama čiji korisnici žele da se uključe u ovaj program, i koji ispune 32 propisana kriterijuma, od kojih su 28 obavezni, dok su preostali preporučeni. Program već 35 godina promoviše visoke standarde iz četiri oblasti: kvalitet morske vode, usluga i sigurnosti na plažama, standarde iz oblasti zaštite životne sredine kao i obrazovanja i informisanja o ekološkim vriednostima.
U Crnoj Gori ovo priznanje se dodjeljuje od 2003. godine kada je nevladina organizacija „ECOM“ postala član Fondacije za ekološku edukaciju (FEE) i time stekla pravo da bude nacionalni operater za sporovođenje Programa „Plava zastavica u Crnoj Gori“. Od samog početka, Javno preduzeće za upravljanje morskim dobrom Crne Gore pružilo je organizacionu i finansijsku podršku za sprovođenje ovog Programa.
Plava zastavica se dodjeljuje kupalištu ili marini za tekuću sezonu, na osnovu odluke Međunarodnog žirija koji se ove godine sastojao od predstavnika UNEP (Programa UN za zaštitu životne sredine), UNWTO (Svjetske turističke organizacije), UNESCO-a (Programa UN za obrazovanje, nauku i kulturu) EEA (Evropske agencije za zaštitu životne sredine), WCA (Svjetska alijansa kitova), EUCC (Evropska unija za zaštitu obala i mora), ICOMIA (Međunarodnog savjeta udruženja marina), ENAT (Evropske mreže za pristupačni turizam), ILS (Međunarodne federacije za spasilaštvo) i FEE (Fondacije za ekološku edukaciju), koja i sprovodi Program Plava zastavica.
Međunarodni žiri razmatra kandidature dostavljene od strane Nacionalne komisije koju u Crnoj Gori formira Ministarstvo nadležno za poslove turizma, a koja se sastoji od predstavnika Javnog preduzeća za upravljanje morskim dobrom, ministarstava nadležnih za poslove turizma, zaštite životne sredine, pomorstva, Crvenog krsta Crne Gore i tri predstavnika nevladinog sektora.