Na njegovo mjesto u jednoj od najvažnijih katoličkih nadbiskupija u SAD je postavio biskupa Ričarda Heninga.
U saopštenju Vatikana se ne pominje druga glavna uloga O‘Malija kao glavnog Franjinog savjetnika za borbu protiv seksualnog zlostavljanja koje čine sveštenici. O‘Mali je šef Papske komisije za zaštitu maloljetnika, te to što se to ne pominje ukazuje da će on ostati na tom mjestu.
Papa Jovan Pavle II je postavio O‘Malija na položaj u Bostonu 2003. godine na vrhuncu skandala sa sveštenstvom koje je seksualno zlostavljalo pastvu. Otkrića višegodišnjeg zlostavljanja i prikrivanja dovela su do ostavke tadašnjeg nadbiskupa kardinala Bernarda Loa u decembru 2002. godine.
Sa 80 godina, O’Mali ima pet godina više od starosne granice za penzionisanje biskupa. Njegov 59-godišnji nasljednik Hening je od prošle godine episkop Providensa u Rod Ajlendu.
Franja je dugo izražavao poštovanje prema O‘Maliju i izabrao ga za člana-osnivača grupe svojih bliskih savjetnika "C9".
U toj ulozi O‘Mali, franjevački fratar, savjetovao je Franju ne samo o pitanjima zaštite djece od zloupotrebe, već je pomogao pripremu reforme vatikanske administracije.
Njihov odnos nije uvek bio skladan. On je 2018. javno oštro kritikovao Franju jer je odbacio svjedočenja o zlostavljannih u Čileu. Franjo se potom izvinio i pokrenuo istragu o tome.
Nedavno je O’Malijeva komisija ukazala na "ozbiljne probleme" u načinu na koji je Vatikan vodio slučaj bivšeg jezuitskog sveštenika, velečasnog Marka Rupnika, što je navelo Franju da naredi da se slučaj ponovo otvori.
