Knežević je optužen da je sa direktorima njegove Atlas banke Markom Nikolićem i Dijanom Zečević navodno Aerodrome Crne Gore oštetio za tri miliona eura.

Knežević pred sudom: Ja sam žrtva političkog progona zbog Đukanovića, da sam ukrao novac ne bih se danas mučio

To je jedna od tri optužnice koje su podignute protiv njega u Crnoj Gori.
Početkom 2020. godine, podgorički Viši sud potvrdio je optužnicu protiv Kneževića u predmetu "Karbon" u kojem je navodno sa još četiri člana kriminalne grupe pričinio štetu kompaniji "Global Karbon" i pribavio protivpravnu korist od 1.942.000 eura.

Knežević je optužen i za organizovanje kriminalne grupe u slučaju afere "Koverat", kada je Knežević objavio snimak na kojem se vidi kako funkcioneru Demokratske partije socijalista (DPS) i bivšem gradonačelniku Podgorice Slavoljubu Stijepoviću predaje, kako je tvrdio, 97.500 eura.

Knežević je izručen iz Velike Britanije u Crnu Goru 30. aprila, nakon čega mu je Viši sud potvrdio pritvor koji mu je ranije određen.